Willkommen

Hallo Besucher, willkommen auf meiner Labor-Webseite.

Ich biete hier diverse Programme und andere, von mir erstellte Dinge an, die das Leben in einem biochemischen Labor erleichtern.

out2aoi

Im Labor benutze ich Image-Pro Plus von Media Cybernetics zur Bildanalyse und Zellzählung. Dieses Profi-Werkzeug bietet alles, was das Forscherherz begehrt, fast. Hier zeigt sich, dass man Gutes noch verbessern kann. Zu diesem Zweck wurde out2aoi und die grafische Benutzeroberfläche out2aoiGUI entwickelt.
Das Kommandozeilenprogramm ermöglicht es, outlines in Areas of interest (AOI) umzuwandeln. Die grafische Benutzeroberfläche ermöglicht eine leichte Steuerung und darüber hinaus noch eine Kontrolle der rechten Maustaste, um unerwünschte Klicks zu vermeiden.

chross cell counter

Der chross cell counter ist ein Werkzeug, welches ich vor der Verwendung von Profi-Bildanalysetools in Zusammenhang mit ImageJ benutzt habe. Es dient der einfachen Zellkernzählung mit ImageJ. ImageJ besitzt diese Funktion von Haus aus, ist jedoch relativ komplex zu bedienen. Viele Parameter können nur über Umwege eingestellt werden oder bedürfen voriger Bildverarbeitung. Diesen Umstand soll mein Makro ausmerzen. Das Makro installiert drei Menüpunkte in der ImageJ Leiste und unterstützt das Zählen in geöffneten Bildern, das Zählen von ganzen Ordnern und das Zählen von Einzelbildern. In der Auswertung können Berichte über die Rundheit und die Größe der Zellen abgefragt werden, ein Plot über diese Werte angezeigt sowie ein Overlay des Originalbildes mit einer Beschriftung der einzelnen Zellen angefordert werden. Verschiedene Bearbeitungsoptionen können unter einer Oberfläche modifiziert werden.
Das Tool wurde von einem Bachelorstudenten bei der Erstellung seiner Bachelorarbeit gestestet: Bachelorarbeit

mnBCII Logo

Während meiner Zeit am Lehrstuhl für Biochemie II - molekulare Neurobiochemie der Ruhr-Universität Bochum kam der Wunsch nach einem (neuen) Logo für den Lehrstuhl auf. Diese Logo kann hier, inklusive Beschreibungstext, heruntergeladen werden.

Wenn du Anregungen oder Fragen hast, kannst du mir gerne eine Email an lab at chross.de schicken.